Η Σχολή "Καλαμαρί" είχε ανέκαθεν μακρά παράδοση σε φιλανθρωπικές δραστηριότητες. Κατά τη διάρκεια της κατοχής αλλά και μετά, στο "Καλαμαρί" λειτουργούσε Βρεφοκομείο-ορφανοτροφείο όπου πολλά ορφανά θύματα του πολέμου βρήκαν στέγη και στοργή. Ένα διάστημα το κεντρικό κτίριο που στέγαζε και το οικοτροφείο, λειτουργούσε και ως νοσοκομείο. Εκ μέρους της διεύθυνσης του "Καλαμαρί" πάντα υπήρχε ανθρωπιά και ευαισθησία, όχι μόνο απέναντι στα προβλήματα των μαθητών, αλλά γενικότερα στα κοινωνικά προβλήματα της εποχής.
Στην περίοδο του μεσοπόλεμου, το ορφανοτροφείο έφθασε να έχει 60-70 παιδιά. Ήταν ένα μικρό σπιτάκι με κουζίνες δίπλα. Εκεί ερχόταν παιδάκια με φανερά τα ίχνη από την πείνα και τις κακουχίες, για να φάνε λίγο φαγητό. Τα παιδιά αυτά δεν ανήκαν στο σχολείο, αλλά ερχόταν μόνο για φαγητό και ύπνο. Ήταν μια εποχή που ο κόσμος πεινούσε και γινόταν μεγάλος αγώνας για την τροφή...
Η μεγάλη ευαισθησία της διεύθυνσης οδήγησε την Soeur Madeleine να ταξιδέψει μέχρι τη Βουλγαρία για να φέρει τρόφιμα. Η Soeur Madeleine είχε ζήσει στη Βιέννη, ήξερε τα γερμανικά και ο πατέρας της ήταν διπλωμάτης στο Προξενείο. Έτσι ήταν σχετικά εύκολο για την ίδια να παίρνει άδεια από τους Γερμανούς, για να ταξιδεύει στα γύρω χωριά και να φέρνει έστω λιγοστά τρόφιμα.
Οι μαγείρισσες μαγείρευαν τα φαγητά σε τεράστια καζάνια. Κάθε μέρα έπρεπε να φάνε περίπου 700 παιδιά, από τα οποία τα 200 ήταν στο ορφανοτροφείο. Υπήρχαν και εβραιοπούλες που φοιτούσαν στο σχολείο και έφτιαχναν τα προικιά τους στο οικοτροφείο του "Καλαμαρί"...
Αξιοσημείωτη υπήρξε και η δράση των Καλών Σαμαριτών, που ήταν ομάδες παιδιών τα οποία συγκέντρωναν ρούχα, τρόφιμα για γέρους, ανάπηρους και φτωχούς. Η προσφορά των Σαμαριτών είχε και πρακτικό χαρακτήρα, καθώς συνδυάζονταν με επισκέψεις στα σπίτια και με οικονομικές ενισχύσεις. Η δράση των ομάδων αυτών δεν συνέβαινε μόνο κατά τη διάρκεια των εορτών και ιδιαίτερα των Χριστουγέννων, αλλά επεκτείνονταν σε όλη τη διάρκεια του χρόνου. Η δραστηριότητα αυτή δεν περνούσε απαρατήρητη από τους κατοίκους της Θεσσαλονίκης, και επιπλέον είχε απήχηση σε ολόκληρη την πόλη.
Στο τέλος κάθε χρονιάς, παρουσιάζονταν θεατρικές παραστάσεις, στα ελληνικά και γαλλικά, έναντι εισιτηρίου. Συγχρόνως οργανώνονταν εκθέσεις ζωγραφικής με έργα των μαθητριών που τα αγόραζε ο κόσμος. Όλα αυτά τα έσοδα διατίθενταν κυρίως για φιλανθρωπικούς σκοπούς. Το 1953 έγινε μεγάλος σεισμός στα Eπτάνησα με καταστρεπτικές συνέπειες στα νησιά Ζάκυνθο, Κεφαλλονιά και Λευκάδα. Πολλές οικογένειες έμειναν άστεγες. Αποφασίστηκε τότε να φιλοξενηθούν παιδιά από τα νησιά στην περιοχή της Θεσσαλονίκης, όπως στις κατασκηνώσεις της Αγίας Τριάδας του ΠΙΚΠΑ. Αποφασίστηκε λοιπόν η οργάνωση κάποιων εκδηλώσεων στο θέατρο και στο γυμναστήριο και συγκεντρώθηκαν 20.000 δρχ., σεβαστό ποσό για την εποχή, που δοθήκαν στα σεισμόπληκτα παιδιά από τα Eπτάνησα. Κάθε Χριστούγεννα γίνονταν πολλές δραστηριότητες για φιλανθρωπικούς σκοπούς. Στο σχολείο φτιάχνονταν δέματα για τα παιδιά του ορφανοτροφείου που είχαν έρθει από διάφορες περιοχές, θύματα κυρίως του εμφυλίου πολέμου. Στα δέματα υπήρχαν τρόφιμα, ρούχα, χειροτεχνήματα και διάφορα παιχνίδια.
Συγκεντρώνονταν επίσης και χρήματα που δίνονταν στη διεύθυνση του ορφανοτροφείου για τα παιδιά. Για το μεγάλο φιλανθρωπικό έργο του σχολείου στη διάρκεια της κατοχής και του πολέμου, το γαλλικό κράτος παρασημοφόρησε με το παράσημο της Λεγεώνας της Τιμής την Soeur Rochette. Για τον ίδιο σκοπό παρασημοφορήθηκε και από το ελληνικό κράτος.